Czas akcji filmu rozciąga się od zarania dziejów człowieka po rok tytułowy. Na Ziemi w epoce kamienia łupanego człowiek po raz pierwszy używa narzędzia jako broni i czyni w ten sposób krok ku zdobyciu inteligencji. W 1999 roku kosmonauci odkrywają na Księżycu podobny czarny obelisk. W roku 2001 na statku kosmicznym, krążącym pomiędzy Jupiterem a Ziemią, komputer pokładowy popełnia błąd, uśmiercając większość załogi i aby ukryć swoją winę doprowadza do śmierci kolejnych ludzi.
