W czasie II wojny światowej Michniów był siedzibą sztabu partyzanckiego zgrupowań „Ponurego” Wymordowanie mieszkańców wsi było odwetem za ich pomoc dla oddziałów partyzanckich oraz przynależność do Armii Krajowej i Batalionów Chłopskich. W dniu 12 lipca 1943 Niemcy otoczyli wieś kordonem żandarmów i rozpoczęli akcję pacyfikacyjną. Zamordowali wówczas 102 osoby. Pacyfikacja Michniowa trwała około 12 godzin. Niemcy nie zamordowali jedenastu osób, wobec których mieli podejrzenia o podziemną działalność. Zostały one wywiezione do obozu koncentracyjnego w Auschwitz, gdzie sześcioro z nich zginęło. Osiemnaście młodych dziewcząt wywieziono na przymusowe roboty do Rzeszy. Dowództwo oddziału "Ponurego" zdecydowało się na akcję odwetową i w nocy z 12 na 13 lipca zaatakowali pociąg niemiecki w odległości około kilometra od Michniowa. Partyzanci zatrzymali pociąg wojskowy, ostrzelali go, a na ścianach wagonów wyryli napisy "Zemsta za Michniów". Części mieszkańców wsi słysząc odgłosy walki opuściła swe domy. Następnego dnia - 13 lipca niemieckie oddziały znowu wkroczyły do Michniowa. Wymordowano wszystkich mieszkańców, których zastano w wiosce. Najmłodszą ofiarą pacyfikacji był dziewięciodniowy Stefan Dąbrowa, spalony żywcem wraz z całą rodziną. Wieś po ograbieniu została doszczętnie spalona. Zabroniono odbudowy i uprawiania pól w Michniowie. Szczątki zamordowanych spoczywają w zbiorowej mogile, na której zaraz po wojnie postawiono kamienna tablicę z nazwiskami ofiar.
Z okazji 71. rocznicy pacyfikacji Michniowa Muzeum Wsi Kieleckiej zaprasza 12 lipca na uroczyste obchody:
12.00 - inauguracja uroczystości rocznicowych
12.40 - "Nasz Michniów - pamiętamy". Program artystyczny przygotowany przez Centrum Kształceniowo - Integracyjne w Michniowie
13.00 - msza święta
14.00 - złożenie kwiatów przed mogiłą pomordowanych mieszkańców Michniowa
