W r. 1605 Stanisław z Ruszczy Branicki, miecznik królewski, starosta chęciński i lelowski, odbudował kościół i klasztor dla 17 zakonników oraz wybudował przy krużgankach kaplicę św. Leonarda.
W dniu 1 kwietnia 1657 r., na Wielkanoc, wojska księcia siedmiogrodzkiego Jerzego Rakoczego, oraz Bohdana Chmielnickiego i króla szwedzkiego Karola Gustawa, zniszczyły Chęciny, a w klasztorze ponieśli śmierć trzej franciszkanie: o. Walenty Kościerski z Halicza, o. Florian Zieliński, spowiednik ss. Klarysek i najmłodszy o. Andrzej Cybulski. Ciała zabitych pochowano pod kaplicą św. Leonarda, a w 1720 r. wmurowano obok wejścia do tej kaplicy tablicę marmurową z informacją o męczeństwie.
Po tych zniszczeniach klasztor odbudowano. Do tej odbudowy przyczynił się Piotr Tęgoborski wraz z małżonką Eleonorą Katarzyną. Następnie w r. 1668, dzięki staraniom gwardiana Szymona Boratyńskiego i pomocy finansowej Stefana Bidzińskiego, kasztelana sandomierskiego (później starosty chęcińskiego) odbudowana została część mieszkalna dla zakonników.
W tym czasie Patronką kościoła była Najśw. Maryja Panna Wniebowzięta i Jej obraz znajdował się w głównym ołtarzu. Oprócz głównego ołtarza w kościele były jeszcze cztery ołtarze boczne: św. Antoniego Padewskiego, Matki Bożej Różańcowej, Miłosierdzia (Przemienienia?) Pańskiego i św. Anny. Ponadto znajdowało się kilka nagrobków.
Klasztor chęciński nawiedzali najwyżsi przełożeni zakonni (generałowie Zakonu), m. in.: o. Jakub Montanari - w kwietniu 1622 r. oraz o. Józef Maria Bottari (1693 r.), który tu przewodniczył kapitule prowincjalnej.
Dnia 11 listopada 1817 r. car Aleksander I dokonał kasaty klasztoru, a w jego budynkach i w kościele urządzono więzienie dla guberni kieleckiej. Ostatni franciszkanin chęciński zmarł w 1864 r. jako kapelan klasztoru SS. Klarysek. Przerobiony na więzienie kościół i klasztor mógł pomieścić ok. 250 więźniów i służył celom więziennictwa przez 110 lat.
W listopadzie 1927 r. więzienie zostało zlikwidowane, lecz budynki klasztorne pozostały w rękach władz państwowych i służyły za siedzibę sądu grodzkiego, a także mieściła się w nich szkoła.
W czasie II wojny światowej zespół klasztorny zajmowało wojsko niemieckie. Według przekazu świadków, w kaplicy św. Leonarda było jeszcze wyposażenie sakralne i kapelan niemiecki odprawiał Mszę św.
Po zakończeniu wojny przeznaczenie budynków klasztornych ulegało częstym zmianom. Do 1948 r. mieściła się tu szkoła kamieniarska. Wtedy częściowo odnowiono obiekt. Wykonano takie prace w kościele, jak odnowa zabytkowej kamieniarki okiennej, odsłonięto też gotycki portal i rozebrano XIX-wieczną dobudówkę przy fasadzie kościoła.
Kolejnym użytkownikiem kompleksu były Zakłady Mięsne i Spółdzielnia Pracy "Twórczość". Jeszcze później urządzono tu łaźnię miejską. W latach 1968-72 władze państwowe dokonały odbudowy zespołu klasztornego. Jednak przy remoncie pousuwano resztki przedmiotów sakralnych. W kaplicy św. Leonarda zniszczono drewniany barokowy ołtarz pochodzący z okresu budowy kaplicy. Z kopuły kaplicy i ze szczytu kościoła usunięto krzyże, a także zasypano krypty.
Po remoncie budynek oddano Wojewódzkiemu Przedsiębiorstwu Turystycznemu "Łysogóry". W kościele urządzono restaurację, a w zabytkowej kaplicy Branickich coctailbar. Budynki klasztorne przeznaczono na hotel, a zabudowania przy murach wykorzystano do celów administracyjno-gospodarczych i na schronisko turystyczne.
Fakt urządzenia w kościele restauracji ludzie wierzący z całego kraju przyjęli z oburzeniem i dawali temu wyraz w licznych listach protestacyjnych, pisanych do ówczesnych władz państwowych z żądaniem przywrócenia kościoła do kultu religijnego. Zwłaszcza od r. 1980 nasiliły się starania o rewindykację obiektów klasztornych i przywrócenia im religijnego charakteru.
Te starania odniosły pozytywny skutek po zmianach, które nastąpiły w Polsce po 1990 r. Decyzją rządowej Komisji Majątkowej z dnia 21.03.1991 r. mogli franciszkanie powrócić w dniu 17.04.1991 r. do klasztoru i w nim zamieszkać. Decyzją o. Prowincjała z dnia 13.04.1991 r. został tu ustanowiony postulat, który mieścił się tu przez pięć lat.
W dniu 10 listopada 1991 r. ówczesny biskup kielecki Stanisław Szymecki dokonał poświęcenia, wybudowanej niegdyś przez Branickich, barokowej kaplicy św. Leonarda i od tego czasu odprawiano w niej Msze św. i nabożeństwa. Dnia 1.04.1992 r. w Urzędzie Notarialnym w Kielcach nastąpiło urzędowe założenie księgi wieczystej i wpis do niej klasztoru na rzecz Prowincji. W maju/czerwcu 1992 r. w klasztorze chęcińskim odbyła się kapituła prowincjalna, w której uczestniczył generał zakonu o. Lanfranco Serrini.
Od maja do września 1995 r. prowadzony był remont kopuły i latarni nad kaplicą św. Leonarda, a także prace nad dostosowaniem do potrzeb zakonnych mieszkań, refektarza i łazienek klasztornych.
Kilka lat zajęły prace nad uporządkowaniem ogołoconego z wszelkiego wyposażenia sakralnego kościoła i nad przywróceniem go do kultu religijnego. W zakres prac weszło: usunięcie żelbetonowego balkonu bocznego w nawie kościoła i takich schodów prowadzących z dołu na balkon, zabetonowanie dołów po wykopach w nawie kościoła, założenie nowej instalacji oświetleniowej i nagłośnieniowej, uzupełnienie tynków, wykonanie i założenie dębowo-metalowych drzwi głównych, sprawienie dębowego ołtarza soborowego.
Poświęcenia, kościoła dokonał w dniu 3.08.1997 r. biskup kielecki Kazimierz Ryczan. Dzięki temu w kościele tym po 180 latach przerwy ponownie odprawiane są Msze św. i nabożeństwa.
W dniu 16.04.2000 r. o godz. 17.00, w Niedzielę Palmową, podczas Mszy św., biskup pomocniczy Mieczysław Jaworski z Kielc, dokonał uroczystego poświęcenia krzyża, który przed kasatą znajdował się w kościele franciszkańskim, a później przez 180 lat przebywał w kościele ss. Klarysek i Bernardynek. Krzyż ten umieszczono w centralnym miejscu kościoła, który obecnie ma tytuł: Podwyższenie Krzyża świętego.
W odzyskanym klasztorze chęcińskim mieściło się Centrum Apostolstwa Franciszkańskiego, w którym pracowali asystenci do dzieł Prowincji: Franciszkańskiego Zakonu Świeckich, Powołań i Ruchu Światło-Życie. Obecnie, od 2004 roku mieści się tam Franciszkańskie Centrum Profilaktyki Uzależnień, które prowadzi Ośrodek Leczenia Uzależnień od Środków Psychoaktywnych "San Damiano".
o. Tomasz Pawlik, franciszkanin
